W czasie niemieckiej okupacji, w latach 1939-1944 więziono w Pawiaku ok. 100 tys. mężczyzn i 20 tys. kobiet. Umieszczano w nim osoby zatrzymane w łapankach, członków ruchu oporu i więźniów politycznych. Było jednym z głównych więzień śledczych okupacyjnej policji bezpieczeństwa w GG.
Ogółem rozstrzelano ok. 37 tys. więźniów (m.in. w lasach palmirskich), a ok. 60 tys. wysłano do obozów koncentracyjnych i na roboty przymusowe. W Pawiaku działały polskie organizacje konspiracyjne, którym udało się uchroni